Enquanto procurava informações muito semelhantes usando o PowerShell, encontrei as informações necessárias aqui: http://www.energizedtech.com/2010/07/powershell-setting-processor-a.html
Você não mencionou qual sistema operacional Windows estava usando (os mais antigos não vieram com o PowerShell, embora você possa instalá-lo se ele não estiver lá).
A rápida é que, no PowerShell, a afinidade do processo é simplesmente uma propriedade que você pode alterar facilmente.
Para ver as propriedades (e outras informações) do seu processo (usando foo como um processo de exemplo), o comando do PowerShell seria:
Get-Process foo | Get-Member
Você verá que ProcessorAffinity é uma dessas propriedades. Mudá-lo é trivial e você pode selecionar em qual núcleo deseja executar, usando os valores da tabela / link do Revolter acima.
Para ver qual é o valor da propriedade ProcessorAffinity para foo, aqui está o comando:
(Get-Process foo) .ProcessorAffinity
Portanto, se você quiser executar foo apenas na CPU 4, defina o valor da seguinte forma:
(Get-Process foo) .ProcessorAffinity = 8