Eu descobri dessa maneira que funciona. Parece que o arquivo fica ruim quando você tenta acumular temas. Depois que um tema é baixado na pasta, ele recebe um nome como "asdsdfscsdfsdfsdfd". Eu copio essa pasta para outro local no meu computador e a renomeio.
Sempre que quiser alternar temas, você pode substituí-lo no local original. (Deve haver uma maneira mais fácil)
Os temas estão localizados aqui (pelo menos na minha máquina) (Win 7)
C:\Users\<UserName>\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default\Extensions
Não consegui navegar para o AppData e tive que digitar manualmente o diretório na janela.
Me deparei com isso. Que menciona o link para XP é
C:\Documents and Settings\<UserName>\Local Settings\Application\ Data\GoogleChromeApplication0.2.149.27Themes
Aqui o link para a página. (Talvez haja algumas informações para uma maneira melhor.)
Temas do Google Chrome