Em termos de eficiência de espaço, tamanhos menores de unidades de alocação apresentam melhor desempenho. O espaço médio desperdiçado por arquivo será metade do AUS escolhido. Então, 4K desperdiça 2K por arquivo e 64K, 32K. No entanto, como Jonathon salienta, as unidades modernas são enormes e um pouco de espaço desperdiçado não vale a pena ser discutido e isso não deve ser um fator determinante (a menos que você esteja em um pequeno SSD).
Compare o desperdício médio de caixa entre 4K e 64K (32K-2K = 30K), para 10.000 arquivos que só chegam a 300.000 KB ou em torno de 300 MB.
Em vez disso, pense em como o sistema operacional usa o espaço. Digamos que você tenha um arquivo 3K que precise crescer 2K. Com um 4K AUS, os dados precisam ser divididos em dois blocos - e eles podem não estar juntos para que você obtenha fragmentação. Com um AUS de 64K, há muito menos blocos para acompanhar e menos fragmentação. 16x o tamanho do bloco significa 1/16 do número de blocos a serem rastreados.
Para um disco de mídia em que suas fotos, músicas e vídeos são armazenados (arquivos normalmente com 1 MB ou mais), eu uso o maior AUS. Para uma partição de inicialização do Windows, uso o padrão do Windows (que é 4K para qualquer unidade NTFS menor que 16 TB).
Para descobrir qual é o tamanho do cluster em um disco existente:
fsutil fsinfo ntfsinfo X: