É um tópico antigo, mas acabei encontrando o mesmo problema e não queria instalar nada adicional, então sugiro o seguinte: (com base no que o nmat diz e no comentário do slhck)
Se você deseja reduzir margens, no leitor de PDF, você pode imprimir em PDF com redimensionamento para 110% e, em seguida, imprimir o novo PDF da maneira que desejar no papel (um ou dois lados ou vários por página). Com esta solução, você pode aumentar apenas diminuir todas as margens (superior, inferior, direita e esquerda) proporcionalmente; ou seja, você não pode alterar apenas uma margem.
Editar / Atualizar: Me deparei com o Briss , um aplicativo gratuito (GNU GPL) e bastante compacto (Java) que você pode baixar do SourceForge (atualmente o briss-0.9). Ele pode remover as margens dos PDFs e salvar o resultado. Eu já o uso há alguns meses.