Muitos programas enviam 'raízes' para o sistema operacional, fornecendo maior funcionalidade para o programa. A instalação é o que cria essa funcionalidade, alterando o registro.
Outros programas foram projetados para serem portáteis ou leves e, portanto, evitar o uso do registro.
Portanto, a diferença pode ser vista como a diferença entre uma árvore plantada no chão e uma árvore em uma panela. A árvore no chão crescerá grande e forte, mas não poderá ser movida facilmente.
A árvore em uma panela nunca fica muito grande ou faz muito, mas pode ser movida para qualquer lugar que precisar.