Eu tenho essa configuração agora no meu computador, na verdade. Eu tenho um disco USB 3.0 1 TB externo e diariamente, no desligamento, faz o backup do meu HDD interno incrementalmente.
Para fazer isso, eu comprei Acronis TrueImage . Você pode configurá-lo para fazer vários tipos diferentes de backups. Dois dos tipos são incrementais e diferenciais. Incremental (aquele que eu uso) faz um backup completo inicial e, em seguida, para todos os backups subseqüentes, apenas salva as alterações desde o último backup. O diferencial é semelhante, mas sempre faz o backup das mudanças desde o último cheio cópia de segurança. Você também pode definir diferentes métodos de consolidação de disco e freqüências nas quais você faz um novo backup completo.
Também possui várias opções de automação e agendamento. O meu é fazer o backup uma vez por dia, no primeiro desligamento. Desta forma, um backup leva apenas cerca de 15 minutos (por USB 3.0) e só ocorre quando eu desligo para o dia.
Eu acho que isso é o que você está procurando.
By the way, eu faço uma imagem de disco quando faço o backup, mas você também pode fazer backup de arquivos e pastas individuais. De qualquer maneira funciona, mas o benefício para mim com uma imagem de disco é que para recuperar, eu só tenho que inicializar com um DVD de recuperação, selecione um backup e destino, e ele reconstrói minhas partições de disco e tudo mais. Quando mudei de um único IDE HDD para um RAID0 com dois discos, consegui usar o TrueImage para criar imagens no meu computador, configurar o RAID e restaurar completamente a instalação do Windows e inicializar de volta no computador de maneira relativamente indolor. É um software muito poderoso.