Eu tive esse problema e usei com sucesso a ideia de mover e / ou excluir itens de forma incremental.
Não consegui mover uma pasta com duas subpastas e arquivos. Como era uma pasta antiga, não havia como imaginá-la. Usei o monitor de recursos (caixa "pesquisa", seção acima à direita da sub-janela manipular e arquivo em atividade da CPU) para verificar se a janela do processo do Explorer tinha algo associado. O único processo associado a eles foi a janela de exibição (Explorer) e eles parecem estar lá apenas porque estavam na lista de pastas que estão sendo exibidas. Nenhum outro processo estava ativo.
Caso contrário, não havia processos ativos usando esses arquivos ou pastas. Eu verifiquei arquivos de bloqueio ou outras coisas estranhas, como arquivos ocultos ou do sistema, e não havia nenhum. O prompt de comando não ajudou. Cada item tinha o mesmo nome e também não era possível mover a pasta pai no DOS. NADA parece explicar por que não pude excluir a pasta pai, portanto, obviamente, meu conhecimento dos meandros é deficiente.
Consegui usar o Windows Explorer para mover os arquivos de cada pasta para outra pasta (até usei os mesmos nomes de pasta, mas não copiei o nome caso houvesse um caractere invisível). Depois de mover os arquivos, eu apaguei as pastas. Então eu coloquei todos eles em uma estrutura de arquivos duplicados exatamente onde o antigo "estava", para ver se eu poderia (eu poderia). Finalmente, mudei a pasta (e o conteúdo) para o novo destino pretendido. Eu estou feliz! :-)