Tenho certeza de que alguém da MS pensou que a maneira antiga (a partir do NT) era confusa para as pessoas, então elas a removeram. Assim como você, eu também usei e gostei da ideia. Mas tudo bem!
Veja como você obtém a mesma funcionalidade.
Faça um novo atalho em uma pasta de sua escolha. A linha de comando da pasta é cmd.exe. Execute-o e altere as propriedades. As propriedades serão salvas no atalho .
Se você quiser propriedades salvas diferentes, faça outro atalho e, se estiver na mesma pasta, apenas o nomeie diferente do primeiro atalho e ele também salvará suas propriedades da mesma maneira.
Se você executar o cmd.exe diretamente da caixa "Executar", ele terá as propriedades padrão do Windows.
A @Syntech levantou um ponto interessante que merece esclarecimentos adicionais.
A opção de menu padrão no menu do console para Windows Vista e superior não afeta diretamente a sessão atual. Ao contrário do link, ele parece se aplicar apenas a janelas do console que não são o cmd.exe. Por que, uma vez que você define as "Propriedades" da janela com o título "c: \ windows \ system32 \ cmd.exe", elas se tornam o "padrão" contínuo de todas as futuras janelas abertas com o mesmo título (por exemplo ... cmd. exe) e eles não olham mais para os valores de propriedade "console" "Padrão". Se você criar atalhos, como expliquei acima, você se beneficiará de cada atalho "lembrando" suas configurações para cada sessão em cada inicialização.
Do Windows NT ao XP, o comportamento foi diferente. E esse é o comportamento ao qual a pergunta original estava se referindo. No XP e versões mais antigas, quando você altera as propriedades, é solicitado que você escolha como mostrado abaixo. Falta o pôster da pergunta original, assim como eu, a opção "Aplicar propriedades apenas à janela atual".
Como não temos essa opção, a solução alternativa que sugiro é criar um atalho "temporário" para o cmd.exe e manter um backup. Altere-o conforme desejar e restaure-o a partir do backup sempre que necessário.
HTH
Referência:
http://technet.microsoft.com/en-us/magazine/ff758104.aspx