Um "núcleo" representa um subconjunto físico real de um processador que, por si só, pode lidar com o processamento, enquanto um "encadeamento" é quantos processos reais o processador pode manipular ao mesmo tempo. A Intel desenvolveu uma tecnologia que eles rotulam de "hiperencadeamento". Essa técnica permite que um núcleo físico (que normalmente só seria capaz de lidar com um segmento por vez) agora possa lidar com dois segmentos simultaneamente.
Um encadeamento é uma tarefa que o processador deve manipular. Para uma explicação simples, você pode assumir que todo aplicativo que você abre (como pintura, bloco de notas, media player) tem seu próprio encadeamento ... agora isso não significa que você só pode abrir 2 aplicativos de uma só vez, simplesmente porque o processador e o sistema operacional funcionam tão rapidamente em 'alternar threads' para atender às necessidades de todos os aplicativos que você abriu. Você terá um desempenho melhor com mais núcleos, porque agora pode distribuir todo o trabalho para mais processadores.
Por exemplo, meu computador de trabalho possui um i7. O i7 possui 4 núcleos físicos, mas cada núcleo pode executar um 'hyperthreading', o que permite que esse processador processe 8 threads de uma só vez. Portanto, se eu abrir o gerenciador de tarefas, verá 8 caixas para a escala de desempenho do processador.
Uma regra geral é que mais núcleos físicos são melhores que mais threads. Portanto, se você estivesse comparando processadores com 4 núcleos e 4 threads, seria melhor que 2 núcleos e 4 threads. Mas quanto mais threads o seu processador puder suportar, melhor será o desempenho durante a multitarefa e, para algumas aplicações muito intensas (edição de vídeo, CAD, CAM, Compressão, Criptografia, etc.), ele próprio utilizará mais de um núcleo por vez.