Portanto, tenho um pacote que tenho certeza de que removi parte de uma de suas dependências ao remover algo (como na rm). Longa história. Basicamente, o que eu quero fazer é que o yum reinstale o pacote e todas as suas dependências para que ele reinstale os arquivos que removi. No mundo do gentoo, você simplesmente faz assim "emerge -e". Parece que você deve ser capaz de fazer algo semelhante.
Acho que eu poderia montar um script para listar os deps e depois analisá-los e reinstalar todos eles.