Por alguma razão, o Windows gosta de reservar as letras das unidades que viu anteriormente.
Essas informações são armazenadas no registro em
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\MountedDevices

Simplesmente exclua a chave do registro da letra da unidade não utilizada em \DosDevices\D:, reinicie e você poderá reutilizar a letra da unidade desejada.
Depois de fazer isso pela segunda vez, descobri que é mais fácil se você fizer dessa maneira:
Transfira todos os arquivos da unidade de dados antiga D:\para a nova unidade de dados E:\.
Você não reiniciar!
Verifique se absolutamente nenhum programa em execução acessando arquivos na unidade de dados antiga. Desligue o maior número possível de aplicativos. Em seguida, altere a letra da unidade de dados antiga para algo aleatório D:\→ Q:\.
Agora você pode alterar a letra da nova unidade de dados para a letra que foi ocupada anteriormente pela antiga unidade de dados, E:\→D:\
Basicamente, altere as letras das unidades com as unidades de dados antigas e novas conectadas; não reinicie até que você tenha executado a letra da unidade switcheroo. Isso evitaria o problema que tive acima.