Só para esclarecer, "Java" não é uma coisa.
Java Runtime Environment (JRE) - a forma mais comum de Java, permite que aplicativos escritos em Java sejam executados no seu computador. Este é o "plugin java" ou a "máquina virtual java (jvm)"
Java (a linguagem) - uma linguagem de programação orientada a objetos.
Java (o compilador) - transforma o código Java (linguagem) em arquivos de classe que podem ser executados pelo JRE / JVM.
Java (a biblioteca) - um conjunto de componentes para GUI de plataforma cruzada e outros elementos de programação.
Suponho que você esteja perguntando sobre a substituição do JRE, o plug-in Java que a maioria das pessoas usa. Se você quer dizer o contrário, atualize sua pergunta.
A Microsoft costumava ter uma Java Virtual Machine incluída em todos os seus sistemas operacionais, mas isso geralmente é ignorado em favor de um plug-in JRE da Oracle.
Existem algumas outras substituições de JRE / JVM que você pode tentar:
JOEQ (ironicamente, por si só, escrito em Java) - http://sourceforge.net/projects/joeq/
Wonka - http://wonka.acunia.com/
Sable (não é mais mantido ativamente) - http://sourceforge.net/projects/sablevm/files/
Cada um deles pode ter algumas quantidades de compatibilidade, mas você provavelmente encontrará ao executar o Java destinado a uma versão mais recente do JRE, pode ter problemas de compatibilidade.
Outra coisa a considerar é se você realmente precisa ou não de Java. Existem tarefas específicas que você faz que exigem explicitamente a execução do JRE? Caso contrário, tente ficar sem ele.