Use rsync. Ele sincronizará os diretórios em uma direção. Portanto, se você deseja atualizar sua oldpasta com tudo new, mas mantenha o conteúdo, basta usar:
rsync -avh --dry-run /path/to/new/ /path/to/old/
Isso, em primeira instância, apenas gera a lista de arquivos que seriam transferidos. Nesse caso: Tudo o que for encontrado newserá copiado para old, a menos que já esteja lá. Tudo oldpermanece como está.
Se lhe parecer bom, remova o --dry-runargumento para transmiti-los de verdade.
Os -avhsinalizadores apenas ativam o modo de arquivamento (que preservará carimbos de data e hora, etc.), verbosidade e tamanhos de arquivo legíveis por humanos. Nada será excluído do destino, a menos que você especifique o --deletesinalizador. Consulte man rsyncpara mais informações.