program.exe file1 file2 ... file10000 não vai funcionar.
O Windows tem uma limitação estranha ao tamanho dos parâmetros da linha de comando. É algo entre 32683 e 32853 caracteres. Existe alguma outra maneira de passar parâmetros?
program.exenão permite dirs. Além disso, não posso passar parâmetros por partes (1-1000 primeiro, 1001-2000 segundo etc). E, mais importante, não possuo código-fonte para modificá-lo.