Outras respostas aqui falam sobre algumas das diferenças. Vou abordar sua pergunta seguinte,
Eu sei que ambas as abordagens funcionarão, apenas me perguntando se existe um motivo para preferir uma ou outra.
Então, digamos que você use apenas seu roteador para acessar o inet (sem VPN ou outras necessidades de roteamento)
Se eu tiver o roteador R_A e alternar S_A e S_B. Suponha que conectemos os dois switches diretamente ao roteador. Então suponha que eu tenha 2 hosts em S_A (S_A_h1, S_A_h2) e 2 hosts em S_B (S_B_h1, S_B_h2).
Se S_A_h1 quiser conversar com S_B_h2, quantos saltos devem ser feitos? 3, um através de cada switch e o roteador.
Se S_A_h1 quiser acessar a Internet, quantos saltos devem ser feitos na LAN? 2, um através do switch e outro através do roteador.
Agora, suponha que conectemos apenas S_A ao roteador e depois conectemos S_B a S_A.
Agora, se S_A_h1 quer falar com S_B_h2, quantos saltos devem ser feitos? 2, um através de cada um dos comutadores.
Se S_B_h2 quiser acessar a internet, quantos saltos devem ser feitos? 3, ambos os switches e o roteador.
Portanto, se você deseja reduzir a latência da rede, configure sua rede de maneira a reduzir o salto. por exemplo, você provavelmente desejaria manter o servidor de mídia local no mesmo switch que a TV e os computadores de acesso à Internet em um switch conectado ao roteador.