Tente isso , supondo que você possa usar uma versão do audacity suficientemente recente (após 2007, instável).
Resumo da sugestão, conforme solicitado por @slhck:
Obtenha uma versão do Audacity posterior à versão 1.3.3. A versão estável do Audacity é de 2006 e não contém a mesma funcionalidade que as versões anteriores.
Abra o arquivo do qual você deseja remover o espaço em branco.
Vá para Efeito > Truncar silêncio .
Defina Duração mínima do silêncio e Duração máxima do silêncio para o mesmo valor, a duração das pausas mais longas que você deseja manter, provavelmente pelo menos algumas centenas de ms.
Defina Limite para o silêncio no limite que você deseja para detectar o silêncio. Você provavelmente terá que mexer um pouco com isso, a menos que tenha apagado completamente os silêncios.
O efeito é descrito aqui