Respostas:
Você pode fazer isso a partir do gnuplot, embora seja mais fácil pré-projetar seus dados externamente.
Na verdade, isso é bastante semelhante ao pré-processamento de seus dados externamente com algum script que pega seus dados e grava os dados combinados na saída padrão. A sintaxe para usar um pipe no gnuplot é
plot " < program arguments"
Eu costumo usar o AWK para tais fins. Para resolver seu problema, o script de pré-processamento tem que internamente juntar os dois conjuntos de dados de alguma forma e, em seguida, calcular os valores desejados. No AWK, eu faria algo assim:
{
if(secondfile)
print $1, $2, values[$1,$2]/$3
else
values[$1,$2]=$3
}
ENDFILE{secondfile=true}
Os valores do primeiro arquivo são armazenados na matriz de valores (o segundo arquivo é falso). O padrão ENDFILE é executado no final de qualquer arquivo (aqui: primeiro) e alterna o comportamento da regra principal para imprimir as coordenadas x e y e os valores divididos (supondo que você tenha o formato de dados de colunas "xy value"). O gancho ENDFILE é suportado no atual GAWK 4.0.
O comando final da trama poderia então parecer
plot "< awk '{if(secondfile) print $1, $2, values[$1,$2]/$3 ; else values[$1,$2]=$3} ENDFILE{secondfile=true}' file1 file2" using 1:2:3
(Eu não entendi completamente como você quer que as quantidades sejam computadas, mas você pode fazer isso de uma maneira similar)