O usuário não excluiu o arquivo, o sistema o fez. O usuário apenas removeu o arquivo de seu próprio diretório. O sistema excluiu o arquivo porque sua contagem de referência caiu para zero. Por acaso, o usuário que remove o arquivo do diretório reduziu sua contagem de referência para zero. (Se o arquivo tiver sido vinculado a outro diretório ou se um identificador tiver sido aberto, ele não será excluído.)
O sistema exclui arquivos automaticamente quando a contagem de referência cai para zero. O proprietário do arquivo não importa. Existem várias maneiras de alguém que não seja o proprietário de um arquivo reduzir a contagem de referência para zero.
A remoção de um arquivo de um diretório (chamado de 'desvinculação') é uma operação no diretório. Desvincular um arquivo reduz sua contagem de referências.
Da mesma forma, um usuário que não seja o proprietário pode fechar o último identificador em um arquivo que não esteja vinculado a nenhum diretório. Fechar esse identificador excluiria o arquivo também, pois novamente a contagem de referência cairia para zero.
sudo
ou com outro escalonamento de privilégios. Você provavelmente ignorou alguma coisa.