O iPhone (3GS, 4, 4S, etc) geralmente grava vídeos de cabeça para baixo, mas inclui metadados sobre a rotação dentro do contêiner MOV.
No entanto, muitos aplicativos (XBMC, VLC, Windows Media Player) não entendem os metadados dessa rotação e, portanto, os vídeos são reproduzidos de cabeça para baixo.
É possível girar permanentemente esses vídeos e remover / ignorar o sinalizador de rotação?
-vf rotate=1
opção de conseguir o mesmo. As opções de saída precisarão de ajustes, para obter uma qualidade decente.