Respostas:
Deixe de fora a opção "/ F", pois é isso que faz com que os arquivos sejam incluídos.
De tree /?:
Graphically displays the folder structure of a drive or path.
TREE [drive:][path] [/F] [/A]
/F Display the names of the files in each folder.
/A Use ASCII instead of extended characters.
para enviar para o arquivo txt use o comando: (você encontrará na unidade C, conforme especificado abaixo)
tree /a > "C:\_TREE-Output.txt"
>parte que a outra resposta não possui.