Existe algum clieant sftp para cygwin? Pelo que li na web, tudo o que posso encontrar é instruções sobre como instalar o servidor / como usar o putty / como usar o filezilla.
O Sftp faz parte do pacote openssh do Cygwin. Basta instalar isso através do setup.exe do Cygwin . Você pode pesquisar pacotes em http://cygwin.com/packages .