Sim, o GnuPG e o PGP.com comercial são implementações do mesmo padrão OpenPGP ; de fato, o GnuPG foi projetado especificamente para ser compatível com PGP.
As únicas diferenças que você pode encontrar são:
Diferentes algoritmos suportados. Por exemplo, o GnuPG suporta o algoritmo de criptografia Camellia, enquanto o PGP.com não.
Porém, isso quase nunca é um problema, já que todo certificado PGP ("chave PGP") lista todos os algoritmos que o software do proprietário suporta (ou mais precisamente aqueles que o proprietário prefere que sejam usados), para que o remetente da mensagem sempre possa escolher um 1.
Várias peculiaridades e diferenças nas versões realmente antigas do PGP (especialmente os lançamentos originais anteriores à padronização do OpenPGP). No entanto, o GnuPG e o PGP.com podem ler facilmente (se não sempre escrever) mensagens nos formatos antigos.
tl; dr: Sim, eles são compatíveis.