Faça o download do PDF Architect (gratuito) , acesse https://editor.cutepdf.com/edit.asp e insira a quantidade de páginas em que o leitor está desligado no início do documento. Faça isso para que suas páginas agora tenham os números certos. Digamos que minha primeira página seja a página 13. Coloquei 12 páginas em branco no início do documento.
Faça o download do seu arquivo agora com as páginas extras no início do seu documento. Abra o documento no Adobe Reader. Pressione imprimir. Selecione a impressora pdf-Creator e selecione para imprimir a página da primeira página real (que não é a página em branco extra que você inseriu). No meu documento, isso seria da página 13.
Agora você pressiona print e o PDF Architect é exibido, e você pode salvá-lo. Quando você abrir o arquivo salvo, verá que a primeira página tem outro número, no meu caso 13, na próxima página 14 e assim por diante.