A diferença entre Cat5e e Cat6 está no isolamento e na qualidade do cabo; portanto, se você seguir o mesmo guia de fiação, ele sempre funcionará em seu ambiente. Os cabos de categoria podem ser projetados para muitas coisas diferentes, não apenas para a rede. Os elementos definidores estão na forma como são fabricados e na qualidade do isolamento, não nos padrões de fiação que você usa.
Na verdade, eu recomendo que você use apenas o Cat6 daqui para frente. A diferença de preço é marginal, a qualidade do sinal é melhor e, se você usá-lo com redes gigabit, verá taxas de transferência mais consistentes e mais altas. Realizo um evento de maior escala na LAN e usamos SOMENTE o Cat6, pois temos uma rede de 100% de gigabit. A diferença de custo é ridícula e, porque reutilizamos o cabeamento, vale totalmente a pena.
EDIT : O cabo Cat5 pode realmente usar mais de 4 pares trançados de fios, presumo que o Cat6 seja o mesmo. Minha afirmação anterior de que a contagem de fiação é estática é imprecisa, no entanto, a maioria dos fios que você pode comprar é de apenas 4 pares trançados.