Respostas:
Talvez você tenha o dirpersistplugin do oh-my-zsh carregado ou talvez esteja adquirindo algum tipo de $ZDOTDIR/z.*inicialização. Dê uma olhada na página de manual dos arquivos de inicialização .
Basta digitar unsetopt autopushdpara desativar o recurso da sessão atual e setoptverificar se ele está realmente descarregado.
Para encontrar a fonte do problema que eu iria executar zsh -x 2> log, saia imediatamente e inspecione o contexto de cada pushd no log ...