Além do Windows simplesmente não ter suporte para sistemas de arquivos Linux, a Microsoft não pode razoavelmente assumir a responsabilidade de garantir que seus dados estarão seguros se tentarem apoiá-los. Por exemplo (e completamente hipotético), digamos que a equipe ext4 melhore o desempenho reconhecendo um novo formato de inodo ext4 que não é compatível com versões anteriores. Em seguida, o Windows modifica seus dados, mas mistura o formato antigo com o novo, porque não conhece a alteração e corrompe seus dados. Quem você vai culpar?
Por anos, como minha memória lembra, o kernel do Linux tinha suporte somente leitura para NTFS, e o suporte de gravação foi rotulado como NÃO SUPORTADO por anos após a introdução. Obviamente, o kernel do Linux estava muito preocupado com a integridade dos dados até estarem confiantes de que o suporte ao sistema de arquivos NTFS era totalmente estável e compreendido. Agora imagine como seria mais difícil para a equipe do kernel se o Windows tivesse entre três a cinco outros sistemas de arquivos tão populares quanto o NTFS. (Pense em: ext3-4, XFS, ReiserFS, Btrfs etc.)