Basicamente, um RTOS pode garantir que pode atender a um IRQ (solicitação de interrupção) em um período de tempo específico (geralmente baixo). Os sistemas operacionais padrão não têm essa garantia.
Na maioria dos sistemas modernos, a maioria dos dispositivos pode gerar um IRQ. Isso faz com que a CPU pare (ou seja, seja interrompida) o que está fazendo e execute um programa de serviço de interrupção. A idéia é que este programa de serviço faça o que o dispositivo precisar, ou seja, retire os dados do dispositivo e entre na RAM, diga ao dispositivo o que fazer em seguida, etc.
No x86, como ele possui apenas 1 linha de IRQ na CPU, quando recebe uma interrupção, outras interrupções são automaticamente desabilitadas (exceto NMI, RESET e SMI) até que a CPU reconheça a fonte de interrupção e as reative. Portanto, bons drivers de dispositivo no Windows i386 / amd64 padrão farão um processamento mínimo nesse estado, apenas o suficiente para reativar interrupções e adiar o processamento completo da interrupção até mais tarde (porque o sistema tecnicamente pode atender apenas 1 interrupção por CPU núcleo de cada vez). Não tenho certeza, mas acredito que o Linux faz o mesmo. No entanto, não há garantia garantida do tempo em que a interrupção será atendida.
Para a maioria dos dispositivos de PC, como discos, teclados, placas de rede, se houver um pequeno atraso na manutenção do IRQ, nada de ruim acontecerá além de uma perda de desempenho. Isso pode ser mais um problema para dispositivos como entrada de áudio e vídeo, onde o dispositivo não armazena nada em buffer e o PC realmente precisa acompanhar o fluxo de dados recebido.