Respostas:
Eu tive esse problema no Ubuntu e, para poupar outra pessoa não observadora do tempo que passei procurando, pensei em adicionar uma resposta aqui também.
Se você acessar as preferências, poderá ver que a opção para mostrar os números das linhas está acinzentada, mas se você passar o mouse sobre ela, instale o python-gtksourceview2.
Então, no ubuntu:
sudo apt-get install python-gtksourceview2
E você deve estar pronto para ir.
A resposta anterior dizia entrar em preferências dentro de Meld. No entanto, não consigo ver nenhuma entrada do menu de preferências, que é consistente com a postagem a seguir, que achei que propunha uma solução dconf-editor
para ativar / desativar os números de linha.
Passos:
dconf-editor
org.gnome.meld
Para mim, no Ubuntu 18.04, não precisava instalar nenhuma dependência adicional.