Tenho muita experiência em alternar entre inicializar uma partição do Windows nativamente e executá-la como uma VM. Primeiro, o suporte a hardware e driver NÃO foi um problema para mim, nem foi necessário desinstalar o VMware Tools ao inicializar em um contexto físico.
Além disso, parece uma ótima idéia, mas a ativação do produto é onde realmente cai. Não se deve ter que reativar o Windows toda vez que o Windows alterna entre P e V, mas não é infalível. O Windows e o Office solicitam ocasionalmente a reativação devido a supostas alterações de hardware. Uma vez, depois de alternar entre os modos físico e virtual, minha instalação do Windows 7 devidamente licenciada se desativou com um pouco de alarde devido a uma alegada "exploração de ativação". Esses problemas seriam evitados, ou pelo menos tornados triviais, se ocorressem em um ambiente KMS .
Quando atualizei para um SSD de 300 GB, troquei minha partição do Windows como VMDK e nunca a reinicializei nativamente. O Windows 7 parece ter um desempenho melhor virtualizado em um SSD do que em um HDD, e a imagem esparsa que eu uso agora consome menos espaço em disco que a partição antiga.
Resumo Executivo: Sim, isso pode ser feito; os drivers são menos do que o esperado e a ativação do Windows é mais do que o esperado. Se você realmente não precisar executar o Windows no bare metal, sugiro converter sua partição para um VHD ou VMDK e executá-la apenas como uma VM.