A resposta de T. Kaltnekar é boa para este programa, mas o Editor de Programas Padrão pode fazer isso para qualquer programa e qualquer ação do menu de contexto para qualquer número de extensões.
Abra o programa, clique em File Type Settings. A caixa de pesquisa, além de pesquisar extensões e descrições, suporta consultas avançadas limitadas, no formato em <verb>:<application>que "verbo" significa o item no menu de contexto do tipo de arquivo e "aplicativo" é o programa que o item inicia quando clicado.
Portanto, no seu caso, você procuraria open:notepadobter uma lista de todos os tipos de arquivos que são abertos com o Bloco de notas:

Em seguida, você pode selecionar todos os itens que deseja fora dessa lista (Ctrl + Clique, Shift + Clique ou Clique + Arraste normalmente) e pressione Next.
Na página Menu de Contexto, clique no item que deseja editar ( Opennesse caso) e clique em Edit Selected Command. Então você está nesta página, onde você coloca o caminho para o programa de sua escolha. Para você, este é o Notepad ++ ( %1é o parâmetro que você passa no programa para que ele abra o arquivo em que você clicou. É uma coisa comum do Windows):

Então Next, Save Context Menue pronto.