O Auslogics Duplicate File Finder é gratuito e não deve ter problemas com 50 GB de arquivos de texto. Certifique-se de fazer o download direto do site para evitar o downloader CNET e não aceitar a barra de ferramentas Auslogics. É bastante intuitivo e fácil de se livrar de duplicatas.
Para concatenar seus arquivos de texto no Windows, você pode tentar isso em uma janela do cmd como administrador:
copiar * .txt bigfile.txt
O que copiará todos os seus arquivos de texto em um grande arquivo. Não faço ideia se isso funcionará com o volume de arquivos que você possui.