Atualizada
O Kinto.sh agora mapeará Alt / Cmd para usar Ctrl + Shift enquanto estiver em um aplicativo de terminal. É claro que mapeia Alt / Cmd para Ctrl o resto do tempo.
Aqui está uma solução muito mais simples, Kinto. Ele resolve o problema que você está enfrentando com os mapas de teclado do terminal que não estão funcionando corretamente, mantendo um bom mapa de teclas com todo o resto.
Estou trabalhando nisso há 3 anos .. e, finalmente, sinto que posso contribuir com algo em troca por causa de como funciona, ao contrário das minhas duas últimas tentativas. Ele se destina a distribuições baseadas em x11 e em systemd, mas o conceito será transferido para Wayland assim que eu encontrar uma boa maneira de implementá-lo, apesar da segurança aprimorada que dificulta o trabalho.
1) Gist (para aqueles que apenas querem ver a premissa ou implementar sua própria solução alternada, casos extremos não cobertos).
https://gist.github.com/rbreaves/f4cf8a991eaeea893999964f5e83eebb
2) O instalador completo que utiliza systemd, bash e xprop. (Os casos de borda, como os chromebooks, são cobertos, foi surpreendentemente difícil de suportar, mas eu gosto do meu para que todos possam se beneficiar!)
https://github.com/rbreaves/kinto
Essencialmente, com esta solução, você não está discutindo como criar corretamente novas teclas de atalho ou tentando evitar conflitos de atalho nos aplicativos do Terminal em relação aos demais aplicativos da GUI. Você simplesmente obtém o melhor das duas palavras e funciona da maneira mais transparente possível - além de incluir arquivos de configuração de atalho padrão para vários terminais e editores de texto populares, que eu posso incluir posteriormente. Até editores de texto como o Sublime não trocam simplesmente a tecla Cmd com Ctrl em todos os atalhos, mas alinha-se adequadamente cerca de 95% ou mais do tempo que eu diria.
E por falar em Wayland, eu tenho uma prova do conceito de como fazer esse truque de troca de teclas do mapa de teclas funcionar no KDE Plasma 5 com um widget existente que gera nomes de aplicativos. Se alguém tem uma solução melhor, então eu sou todo ouvidos, especialmente se ele pode funcionar no x11 também. Xprop é completamente suficiente em x11, mas obviamente não serve para Wayland.
https://github.com/rbreaves/applet-window-title/commit/ff17e694579a52a9848d6bea87b2d11f22033718