O MS-DOS 6.22 deve funcionar com praticamente qualquer software VM que eu conheça. Existe algo mais especial nesse sistema que exige que ele esteja sendo executado além do MS-DOS? Você já tentou criar imagens da unidade e criar uma VM?
O problema é que seu disco rígido não é reconhecido pelo BIOS? Pode ser necessário definir o disco rígido como "TYPE AUTO" em algum lugar do BIOS. É possível que seu disco rígido seja mais ou menos "novo demais" para o sistema. Também existem limitações de endereçamento do BIOS, como a barreira de 504 (?) MB ou a barreira de 8GByte. Se as ferramentas que você está usando a imagem estão recriando a tabela de partição, pode estar fazendo algo que o BIOS antigo não gosta.
O MS-DOS se encaixa facilmente em um floopy padrão de 3,5 ". Naquele dia, qualquer pessoa que tivesse que trabalhar com o MS-DOS nessa capacidade tinha um disco de inicialização que inicializava no MS-DOS e tinha algumas recuperação e instalação necessárias. utilitários, a saber SYS(coloca o MS-DOS em um disco), FDISK(particionador) e FORMAT, e então COMMAND.COM.
Não é muito difícil ocultar um sistema que é inicializado em C: para inicializar em A: no MS-DOS, sem modificar o C:. A unidade C: estará visível e acessível como normal. Basicamente, você faria o disco de inicialização com um SYS A:a partir de um sistema MS-DOS em execução, copiar COMMAND.COMpara a raiz do disquete e, em seguida, copiar e mudança CONFIG.SYSe AUTOEXEC.BAT, conforme necessário. Desde que sua COMPSEClinha de entrada CONFIG.SYSnão aponte para A: e sua linha final AUTOEXEC.BATseja C:(para mudar a unidade atual para C :), o disquete não é necessário ou usado após a inicialização. Esta pode ser uma opção para você.