É possível sim. Embora, como você afirma, não é o ideal. Sem o explorer.exe principal em execução, você não terá um gerenciador de área de trabalho / janela, a menos que inicie ou esteja executando outro .
No entanto, para o Windows XP, as etapas para desativar o explorer na inicialização devem ser:
Vá para Iniciar -> Executar -> Digite regedit
e pressione Enter.
Navegue para a seguinte estrutura em árvore: HKEY_LOCAL_MACHINE -> Software -> Microsoft -> Windows NT -> CurrentVersion -> Winlogon
Altere o valor da Shell
chave para em branco ou outro programa para iniciar em vez de explorer.exe