Concat desmuxer
O desmuxador concat foi adicionado ao ffmpeg 1.1. Se sua versão do ffmpeg for antiga, obtenha o binário estático mais recente aqui: http://www.ffmpeg.org/download.html
Instruções
Crie um arquivo mylist.txt
com todos os arquivos que você deseja concatenar no seguinte formulário (as linhas que começam com um traço são ignoradas):
# this is a comment
file '/path/to/file1'
file '/path/to/file2'
file '/path/to/file3'
Observe que esses podem ser caminhos relativos ou absolutos. Então você pode codificar seus arquivos com:
ffmpeg -f concat -i mylist.txt -c copy output
É possível gerar esse arquivo de lista com um loop bash para, ou usando printf. Qualquer um dos seguintes itens geraria um arquivo de lista contendo todos os * .wav no diretório de trabalho:
for f in ./*.wav; do echo "file '$f'" >> mylist.txt; done
printf "file '%s'\n" ./*.wav > mylist.txt
Fonte: wiki ffmpeg