Respostas:
Use algo como dd
ou dd_rescue
na linha de comando do Linux para clonar a partição (ou unidade) pouco a pouco. Ele não estraga a estrutura, pois está essencialmente criando uma imagem espelhada da unidade. O único outro conselho que posso dar é ter cuidado ao clonar a unidade para não destruir nenhum dos seus dados.
Depois que o disco for clonado, use algo como gparted para expandir a unidade e usar a quantidade máxima de espaço.