Como é um tópico antigo, talvez isso ajude as pessoas a procurar esse problema.
Eu tive o mesmo problema no VLC 2.1.4. Rincewind com alguns arquivos. E, de fato, todos tiveram 2 fluxos de vídeo (além de 2 fluxos de áudio).
Minha solução foi carregá-los no MKVmerge , um programa que coloca vídeos no formato de contêiner Matroska. No MKVmerge, simplesmente desabilitei os fluxos supérfluos de vídeo e áudio, cliquei em "Start Muxing" e ele criou um arquivo que funcionava normalmente no VLC e, como bônus, ocupava metade do espaço em disco. Se você preferir outros formatos de contêiner, como o MP4 , também existem outros programas.
Para mim, isso conta como uma solução permanente, pois o problema está em alguns arquivos que podem ser reparados. Se esse problema persistir normalmente, talvez um media player concorrente, como o MediaPlayer Classic, o atenda melhor.