Respostas:
Eu consideraria o uso do ext4 em instalações novas, pois o aumento de desempenho é bastante significativo. Acredito que o ext4 seja o padrão para o Ubuntu na próxima versão (9.10), mas disponível, mas não padrão na versão atual (9.04).
Você pode converter um sistema de arquivos atualmente como ext3 para ext4, mas o aumento de desempenho pode não se aplicar aos dados existentes, já que algumas das mudanças na arquitetura interna não se aplicariam a esses dados. Quaisquer novos dados, porém, você se beneficiaria com extensões e tal.
ext4 é marcado como estável, portanto, os lançamentos de novos kernels não devem interromper completamente o sistema de arquivos existente, como um sistema de arquivos instável, como o btrfs faria.
Claro, eu faria backup das coisas antes de mexer em qualquer coisa, apenas no caso ... você nunca sabe.
A alocação de extensão do ext4 se pergunta quando você usa o BitTorrent. Quando um cliente BT pré-aloca uma grande parte (por exemplo, quando você está baixando um DVD iso) de disco para evitar fragmentação, no ext4 é quase instantâneo, enquanto no ext3 pode levar dezenas de segundos.
Eu tive oops do kernel com ext4 no início do Fedora 10 (mas sem perda de dados), mas hoje em dia não há um único problema com ele. Parece bastante sólido para mim.