Como posso copiar um único arquivo e manter a estrutura de diretórios?

Como posso fazer isso na linha de comando?

por exemplo, copiar /dir/another/filepara /tmp/então eu tenho/tmp/dir/another/file

cp --parents /dir/another/file /tmp

fará exatamente o que você quiser.

O rsync pode ser uma boa ajuda para isso:

rsync -Ravz my/first/dir/file.txt another_dir

vai dar como resultado

another_dir/my/first/dir/file.txt

Você pode usar tarpara preservar caminhos ao copiar arquivos:

tar cf - /dir/another/file | (cd /tmp && tar xf -)