Eu tive o mesmo problema depois de atualizar para o Mountain Lion. Liguei para a Apple e, depois de ter que passar pela redefinição usual da PRAM, entrei em contato com alguém que tinha algumas sugestões úteis. O problema parece estar resolvido agora - não parece que o problema se repita.
A solução foi remover as solicitações do Dock, Finder e Desktop. Suspeito que o plist do Dock foi o mais importante, pois é definitivamente um problema relacionado ao Dock. Presumivelmente, no processo de atualização, o plist foi corrompido de alguma maneira.
As listas em questão podem ser encontradas em ~ / Library / Preferences. Uma maneira rápida de chegar à pasta Biblioteca no Finder é mantendo pressionada a opção Option e selecione Ir no menu Finder - a Biblioteca estará na lista.
Dentro da Biblioteca, abra Preferências e encontre com.apple.dock.plist - envie-o para a lixeira ou arraste para a área de trabalho. Os outros dois que o cara da Apple me levou a remover foram com.apple.desktop.plist e com.apple.finder.plist.
Agora efetue logout e logon novamente (ou faça o killall Dock em um terminal) - o Dock recriará a lista. O arranjo do Dock agora estará de volta ao padrão - você precisará adicionar novamente os aplicativos que tiver lá.