Desculpe se foi perguntado. Eu já encontrei várias soluções que não estão funcionando. Não tenho certeza do que estou fazendo de errado.
Não quero desativar todos os javascript, apenas caixas de alerta Javascript. Os que aparecem e forçam você a clicar em OK ou X para fechá-los.
Encontrei scripts de usuário que pretendem fazer isso (exemplo: http://userscripts.org/scripts/show/58252 ). Coloquei o chrome no canal dev, inicie o chrome com a opção --enable-user-scripts, o script aparece como instalado.
Mas ainda recebo as caixas de alerta.
Um exemplo de caixa de alerta que não está sendo desativada está em http://wordswithfriends.net/ - coloque qualquer palavra lixo no validador de palavras na barra lateral direita. Você recebe um pop-up dizendo que não é uma palavra.