Em um sistema moderno, especialmente como um servidor de algum tipo, você pode sobreviver sem nenhum - Você pode usar vídeo on-board (evitando o uso de um slot PCI-E para placa de vídeo), ethernet (para não precisar um slot de expansão para ele) e assim por diante. A maioria das placas modernas são praticamente independentes.
No que diz respeito a um sistema de servidor doméstico, posso ver os slots PCI-E usados para uma placa que suporta portas SATA adicionais (supondo que você tenha espaço e energia suficiente no seu caso). Eu observaria que muitos casos de MATX podem não suportar as 6 unidades completas que a placa pode suportar - a maioria das que eu já vi lidar com 2 + 2 ou 3 + 2.
Se o custo não era um objeto, você pode lançar um SSD ou até ram em uma porta PCI-E. Ambos funcionam como opções de armazenamento caras, mas insanamente rápidas. Considerando que você está usando uma placa matx, estou assumindo que jogar um grande em um armazenamento muito rápido não é uma opção que você está procurando, então vamos ignorá-las.
Se o servidor também fizer algum tipo de roteamento comum, você também poderá lançar uma placa de rede adicional (PCI-E para gig-e, PCI para 10/100). Costumo usar a Ethernet como uma maneira rápida e simples de transferir arquivos diretamente de um sistema para outro. Ter wireless é outra possibilidade nesse papel.
Com uma placa MATX, você não pode esperar muitas placas - você teria uma x16 (para uma placa de vídeo) e até três outros slots, conforme as especificações. Por outro lado, nessa função, quase tudo que você precisa está embutido, como afirmei - examinaria outras especificações ao decidir.