Respostas:
Existe o cwRsync que eu uso para fazer backup de dados de PCs com Windows para servidores Linux.
Versões mais antigas estão disponíveis sem taxa
Conforme a resposta de @ warren, o WinSCP pode sincronizar arquivos.
Se você quiser fazer isso periodicamente, precisará fazer um script (o WinSCP suporta scripts) e agendar o script WinSCP usando o Agendador do Windows .
A opção de sincronização não atendeu às minhas necessidades. cwRsync também não funcionou para mim, me deu um erro no Win7 x64.
Usei o rsync do cygwin (em um Cygwin-Shell) que funcionou bem. http://www.cygwin.com/