O que você vê é um prompt geral que o Windows fornece sempre que você tenta abrir qualquer momento do arquivo que foi baixado. O que acontece é que, quando você baixa um arquivo, ele é marcado com uma bandeira que indica que ele veio da Internet e, portanto, é potencialmente perigoso. Quando você tenta executar esse arquivo, o Windows verifica se ele possui uma assinatura válida para determinar se é confiável.
O que você pode fazer é remover o sinalizador do arquivo usando o botão Desbloquear nas propriedades do arquivo, após o qual o Windows o deixará em paz sempre que você tentar executá-lo:
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O problema é que arquivos em lote são arquivos de texto que podem ser executados. Embora seja possível assinar um arquivo de texto, ele acabará anexando um monte de dados binários ao arquivo, o que para um arquivo em lotes é ruim porque é sem sentido e causa problemas quando o interpretador de comandos tenta executá-lo. Comentar a assinatura também não funcionará porque a assinatura fica corrompida.
Portanto, assinar um arquivo em lotes não funcionará.
O que você precisa fazer é descobrir por que o sistema o solicita ao tentar executá-lo. Por padrão, o Windows não pergunta antes de executar arquivos em lote; portanto, você deve ter uma política ou programa de segurança especial bloqueando-o. Verifique seu (s) programa (s) de segurança para ver se há uma configuração de verificação na qual você pode desativar ou adicionar uma exclusão.
Verifique também o conteúdo do arquivo em lotes para ver se está executando um executável que não está assinado (embora, novamente, por padrão, o Windows não solicite executáveis, a menos que tenha sido baixado ou exija privilégios elevados, verifique suas configurações).