O WinPatrol fará isso por você. A versão gratuita é suficiente, eu a executei por anos e fez exatamente o que você está descrevendo, entre outras coisas ...
Ele é executado em segundo plano e uma caixa de diálogo aparece com várias opções sempre que algo deseja modificar as entradas de inicialização.
Eu não sou afiliado a este produto de forma alguma.
Outra opção para analisar sua inicialização (não tão forte na área de notificações , mas é uma ferramenta poderosa, no entanto):
Execuções automáticas
Esse utilitário, que possui o conhecimento mais abrangente sobre locais de inicialização automática de qualquer monitor de inicialização, mostra quais programas estão configurados para execução durante a inicialização ou o logon do sistema e mostra as entradas na ordem em que o Windows os processa. Esses programas incluem aqueles na sua pasta de inicialização, Run, RunOnce e outras chaves do Registro. Você pode configurar as Execuções Automáticas para mostrar outros locais, incluindo extensões de shell do Explorer, barras de ferramentas, objetos auxiliares do navegador, notificações do Winlogon, serviços de inicialização automática e muito mais. A execução automática vai muito além do utilitário MSConfig incluído no Windows Me e XP.