MarcusJuniusBrutus, a ferramenta que você está procurando é chamada rtcwake . Permite suspender o sistema e especificar um horário de ativação específico. Você pode configurar alguns cronjobs, um para colocar a máquina em repouso usando rtwake para ativá-la novamente a tempo do segundo cron.
Encontrei um bom exemplo aqui :
Se eu quisesse que minha máquina durma durante a noite, acorde para uma manutenção curta, durma novamente e acorde de manhã cedo, eu teria quatro clones funcionando. O primeiro, para sincronizar o relógio do sistema operacional com o UTC (via ntp). O segundo, para sincronizar o relógio do hardware com o UTC. A terceira, para colocar a máquina em repouso todas as noites, usando rtcwake e especifique o momento exato em que deve acordar mais tarde. O quarto cron seria executado alguns minutos depois que a máquina acordasse e fizesse o que fosse necessário. Depois que todas as tarefas são concluídas, ele dorme a máquina mais uma vez e a faz acordar de manhã.