Seu objetivo é descompactá-lo no servidor externo ou você deseja extrair o conteúdo do arquivo para o seu próprio computador ?
O primeiro caso não é resolvido pelo FTP, mas pelo SSH ou técnicas semelhantes, conforme descrito em outras respostas.
Se você deseja obter o conteúdo descompactado "diretamente" para o seu computador, sem primeiro transferir explicitamente os arquivos e depois descompactar, você pode, por exemplo, montar o site FTP como uma pasta e descompactá-lo como um arquivo zip normal para um local no seu local computador. Esta vontade na prática transmitir o conteúdo do arquivo diretamente para o programa de descompactação, para que tecnicamente não transferir o arquivo inteiro, mas apenas em seu estado compactado (presumivelmente salvar tráfego) e o conteúdo aparecerá diretamente em seu computador local, sem a etapa intermediária explícito.
Não sei como o formato do arquivo zip é especificado, apenas descompactando parte de um arquivo zip; se você precisar transferir o arquivo inteiro, no entanto, ou apenas a parte compactada correspondente a esse arquivo. Não vejo nenhuma razão técnica real sobre o motivo pelo qual não seria possível fazer esse tipo de transferência seletiva (o protocolo FTP permite apenas a transferência de arquivos parciais para permitir a retomada).