Mesmo com uma inicialização por SSD, não é instantâneo. Isso ocorre porque há trabalho de CPU envolvido para carregar o kernel, tempo de espera para detectar e inicializar hardware, verificar configurações etc. Se fosse apenas sobre o disco, o Windows faria uma carga completa em cerca de dois segundos.
Para sua pergunta sobre se "seria uma boa prática ocasionalmente fazer um desligamento completo", eu gostaria de salientar que fazer uma reinicialização sempre faz um desligamento completo, portanto, a menos que você nunca use Reiniciar, talvez já esteja fazendo isso.
Observe também que desativar o Hibernate, uma "dica" comum para o Windows 7 para economizar espaço em disco SSD, também desativa o desligamento híbrido / inicialização rápida.