Você sempre pode rolar a partir da linha de comando. Eu uso isso no Cygwin para criar somas de verificação md5 para arquivos de dados sendo copiados em DVD de dados. Meu uso principal é verificar os dados após a gravação, mas mantenho o arquivo (renomeado para refletir o rótulo do disco e movido para um diretório comum com arquivos md5 de outros backups). A pesquisa é tão fácil quanto procurar um nome de arquivo ou palavra-chave nesse diretório (por exemplo, um nome de projeto que possa ser encontrado nos nomes das pastas, pois o md5 armazenará caminhos relativos para cada arquivo).
No seu caso, assumindo que a unidade de dados foi montada em E :, eu começaria em / cygdrive / e /:
$ ( cd /cygdrive/e/ ; find . -type f -print0 | xargs -0 md5sum >> ~/e-drive.md5.txt ; cp ~/e-drive.md5.txt . )
Isso é tudo na unidade, para que ela possa ser desconectada e armazenada. Agora mova o arquivo md5 para onde quer que você esteja arquivando os arquivos md5 e atribua um nome mais identificável:
$ mv ~/e-drive.md5.txt "~/My Documents/Archive Drives/New_E_Drive_Label.md5.txt"
Quando você precisar de um arquivo ou projeto, procure uma palavra-chave conhecida (ou uma sequência delas - por exemplo, mostre apenas arquivos .DOC associados ao Projeto X):
$ cd "~/My Documents/Archive Drives"
$ grep "Project X" * | grep -i doc
New_E_Drive_Label.md5.txt:53:0123456789abcdef0123456 Projects/Project X/Design.doc
New_E_Drive_Label.md5.txt:54:0123456789abcdef0123456 Projects/Project X/Testing.doc
New_E_Drive_Label.md5.txt:55:0123456789abcdef0123456 Projects/Project X/World Domination.doc
Some_Other_Drive.md5.txt:2:0123456789abcdef0123456 Project X rulez.doc
Old_Broken_Drive.md5.txt:17:0123456789abcdef0123456 What is this Project X again.doc
... Você entendeu a ideia. Certamente essa não é a saída mais bonita, mas limpa bastante com um pouco de perl / python. Ou importe-o para uma planilha ou banco de dados, teste seu awk skillz, qualquer que seja.