Respostas:
Eu inventei esses métodos propostos, não sei se existem métodos melhores.
Aumentar a transparência da área selecionada
Diminuir a transparência da área selecionada
Meu caso de uso é mais simples, quero definir todos, exceto um objeto descrito como transparente.
Uma variante disso é usar a ferramenta de preenchimento "paint-bucket" (no Paint.Net)
Efeitos> Substituir cores é outra maneira. É um pouco mais complicado de usar, mas especialmente útil para formas complexas com muitos furos, em comparação com um simples retângulo preenchido.
Nota: Substituir cores usa transparência, onde 0 = opaco, 255 = transparente. Isso é invertido no menu de cores.
Como o Paint.Net é um editor de pixels (não um editor de vetores), os novos usuários lutam até aprenderem a usar camadas como objetos. Uma vez em uma camada separada, é fácil controlar a duplicação, rotação etc. de uma única área de interesse "objeto".
Um herói do paint.net chamado Boltbait criou um plugin para fazer isso .
Atualização Há uma atualização para o paint.net v4.1 + que inclui um instalador. Há muitas coisas que acompanham o instalador, verifique apenas as opções desejadas. Além disso, baixe a versão do plug-in que corresponde à sua versão do paint.net. (é bastante óbvio na postagem do fórum)
Resposta antiga
Você precisará seguir os links fornecidos na página, dependendo da versão do paint.net que você possui. Depois de seguir o link apropriado, faça o download do zip.
Existem vários plugins no zip, mas para responder a esta pergunta:
Sei que estou um pouco atrasado, mas tenho uma boa maneira de fazer isso também.
No meu caso, eu queria definir grandes áreas de pixels como (0,0,0) (blask), para que você simplesmente selecione uma área, defina a cor de preenchimento para 0,0,0 com opacidade em 0% e preencha as áreas de interesse.
Espero que isso possa ajudar alguém!